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Proyectos Financiados
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Proyecto PE001
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Título: |
Diversidad genética de las especies de Cucurbita en México. Fase II. Genómica evolutiva y de poblaciones, recursos genéticos y domesticación |
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Responsable: |
Dr. Rafael Lira Saade |
| | Correo electrónico: | rlira@unam.mx | | | Institución: | Universidad Nacional Autónoma de México
Facultad de Estudios Superiores Iztacala
División de Investigación y Posgrado
Unidad de Biotecnología y Prototipos | | | Dirección: | Av de los Barrios # 1, Los Reyes Iztacala, Tlalnepantla, Mex, 54090 , México
| | | Teléfono/Fax: | Tel: 5623 1333 ext. 39780 Fax: 5623 1193 | | | Fecha de inicio: | Mar 15 2018 | | | Fecha de término: | Jan 31 2022 | | | Estatus: | CONCLUIDO SATISFACTORIAMENTE | | | Cobertura: | | | | Resumen: | México es centro de origen y diversificación del género Cucurbita. Dentro de sus límites geográficos se encuentran 15 taxa del género, de los cuales 5 son endémicos de México y otros 5 son taxa domesticados. Sin embargo, estos taxa habían sido poco estudiados desde el punto de vista genético hasta antes del desarrollo de la primera fase del presente proyecto. Durante la primera fase del proyecto se realizaron avances considerables en el análisis filogenético de todos los taxa (excepto C. radicans), así como en estudios poblacionales de tres taxa domesticados (C. argyrosperma ssp. argyrosperma, C. moschata y C. pepo ssp. pepo) y sus parientes silvestres más cercanos (C. argyrosperma ssp. sororia y C. pepo ssp. fraterna). De acuerdo con estos análisis, la diversificación del grupo ocurrió durante el Pleistoceno, siendo los grupos xerofíticos perennes los más basales y observándose una progresión de norte a sur en el área de distribución de los grupos. Adicionalmente, se detectaron niveles de variación genética considerable en los taxa domesticados y señales de flujo génico entre C. argyrosperma ssp. argyrosperma y el taxa silvestre C. argyrosperma ssp. sororia. Por otra parte, se ha avanzado considerablemente en el ensamble y anotación de los genomas de C. argyrosperma ssp. argyrosperma, C. argyrosperma ssp. sororia y C. moschata; datos que permitirán identificar regiones genómicas asociadas con el síndrome de domesticación y con la respuesta a distintas condiciones ambientales. En la presente fase del proyecto se obtendrán datos moleculares de regiones de mitocondria, cloroplasto y microsatélites nucleares para complementar los datos obtenidos durante la primera fase del proyecto en las especies cultivadas y sus parientes cercanos. Además, se obtendrán SNPs con el método tGBS para todas las especies del género distribuidas en México y se secuenciarán y analizarán genomas tanto de taxa domesticados como silvestres con el objetivo de: 1) Estudiar detalladamente la diversidad genética de las especies de Cucurbita que crecen en México y su relación con variables climáticas, incluyendo aspectos genómicos a nivel población; y 2) Avanzar en el estudio genómico de diferentes especies de Cucurbita y sus comparaciones en términos de evolución molecular. Se realizarán análisis de genética y genómica de poblaciones, así como filogenia y filogeografía de taxa silvestres y domesticados y de adaptación local para profundizar en la compresión del proceso de domesticación de las especies del género Cucurbita, su biogeografía y demografía histórica y relaciones de ancestría-descendencia entre especies silvestres y domesticadas. También se van a llevar a cabo análisis de genómica comparativa, que permitan avanzar en la comprensión de los cambios genómicos asociados al síndrome de domesticación y adaptación a distintas condiciones ambientales.
| | Costo: | $4,520,063 | | | | | | | Productos: | | | | | | | | La base de datos del proyecto fue migrada al modelo de datos del Sistema Nacional de Información sobre Biodiversidad (SNIB) en formato Access. (Modelo y diccionario de datos)
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| | | | | | | | CONABIO-SNIB-BaseDatos | ZIP | Lira, S. R., Eguiarte, F. L., Montes, H. S., Aguirre, P. E., Gasca P. J., Sánchez, de la V. G., Castellanos, M. G., Barrera, R. J., Hernández, R. H. S., Villafán de la T. E., Tapia, A. F. y Monterrubio, L. B., 2021. Diversidad genética de las especies de Cucurbita en México. Fase II. Genómica evolutiva y de poblaciones, recursos genéticos y domesticación. Universidad Nacional Autónoma de México. Facultad de Estudios Superiores Iztacala. Bases de datos SNIB-CONABIO, proyecto PE001. Ciudad de México |
| | | | | | | | CONABIO-SNIB-Metadato | PDF | Lira, S. R., Eguiarte, F. L., Montes, H. S., Aguirre, P. E., Gasca P. J., Sánchez, de la V. G., Castellanos, M. G., Barrera, R. J., Hernández, R. H. S., Villafán de la T. E., Tapia, A. F. y Monterrubio, L. B., 2021. Diversidad genética de las especies de Cucurbita en México. Fase II. Genómica evolutiva y de poblaciones, recursos genéticos y domesticación. Universidad Nacional Autónoma de México. Facultad de Estudios Superiores Iztacala. Bases de datos SNIB-CONABIO, proyecto PE001. Ciudad de México |
| | | | | | | | CONABIO-SNIB-ReporteCalidad | PDF | Lira, S. R., Eguiarte, F. L., Montes, H. S., Aguirre, P. E., Gasca P. J., Sánchez, de la V. G., Castellanos, M. G., Barrera, R. J., Hernández, R. H. S., Villafán de la T. E., Tapia, A. F. y Monterrubio, L. B., 2021. Diversidad genética de las especies de Cucurbita en México. Fase II. Genómica evolutiva y de poblaciones, recursos genéticos y domesticación. Universidad Nacional Autónoma de México. Facultad de Estudios Superiores Iztacala. Bases de datos SNIB-CONABIO, proyecto PE001. Ciudad de México |
| | | | | | | | | | | | | | | | CONABIO-SNIB-CSV | ZIP | Lira, S. R., Eguiarte, F. L., Montes, H. S., Aguirre, P. E., Gasca P. J., Sánchez, de la V. G., Castellanos, M. G., Barrera, R. J., Hernández, R. H. S., Villafán de la T. E., Tapia, A. F. y Monterrubio, L. B., 2021. Diversidad genética de las especies de Cucurbita en México. Fase II. Genómica evolutiva y de poblaciones, recursos genéticos y domesticación. Universidad Nacional Autónoma de México. Facultad de Estudios Superiores Iztacala. Bases de datos SNIB-CONABIO, proyecto PE001. Ciudad de México |
| | | | | | | | | | | | | | | Los archivos que se pueden consultar en la sección de Productos, no necesariamente incluyen todos los resultados aportados por el proyecto. Si requiere más información puede comunicarse con Servicios Externos al correo electrónico servext@conabio.gob.mx
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