El Herbario Weberbauer tiene como objetivo conservar los Tipos, Holotipos e Isotipos de la flora peruana, así como determinar los especimenes nuevos que se ingresan al Herbario. Los tipos de plantas que se colectan son plantas medicinales nativas del Perú, los parientes silvestres de las especies nativas cultivadas, flora de las cuencas de Huaral, Chillón, Rimac, Lurín y Cañete del Departamento de Lima, especies ornamentales comunes en parques y jardines de la Provincia de Lima y especies con propiedades insecticidas, tintóreas y otras de importancia económica.

La base de datos consta de 12 565 ejemplares correspondientes a 225 familias, 1 386 géneros y 3 370 especies.