Actualmente existen tres grupos de trabajo dentro del Convenio, integrados generalmente por representantes, incluidos expertos designados por los gobiernos, con el mandato de elaborar directrices y otros mecanismos para implementar las disposiciones del Convenio en materias específicas.
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Grupo de Trabajo en Acceso a Recursos Genéticos y Distribución de Beneficios (WG-ABS). Se encarga de implementar las disposiciones del Convenio asociadas a acceso a recursos genéticos y distribución de beneficios plasmadas en los Artículos 15, 16, 19 y 22. El mayor logro de este grupo de trabajo son las Directrices de Bonn, adoptadas por la CoP en su séptima reunión. Este grupo de trabajo está trabajando actualmente en las negociaciones sobre un Régimen Internacional de acceso a recursos genéticos, así como la consideración de un certificado internacional de origen o fuente legal.
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Grupo de Trabajo sobre el Artículo 8 (j) y Disposiciones Conexas (WG-8j). Proporciona asesoría sobre la aplicación y la formulación de modalidades jurídicas y de otro tipo de protección para los conocimientos, las innovaciones y las prácticas de las comunidades indígenas y locales con estilos de vida tradicionales de importancia para la conservación y el uso sostenible de la diversidad biológica; así como también acerca de la aplicación del artículo 8 (j) y disposiciones conexas.
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Grupo de Trabajo sobre la Revisión de la Implementación del Convenio (WG-RI). Creado en 2004 con el fin de evaluar el progreso alcanzado en la aplicación del Convenio y del Plan Estratégico y los logros que conduzcan al objetivo de 2010, así como las formas y maneras de identificar y vencer los obstáculos a la aplicación efectiva del Convenio.
